Frissítve: 2014.07.08.
Kutatás
PhD téma:
A colicin E7 fehérje és mutánsainak vizsgálata
valamint felhasználása egy mesterséges
metallonukleáz tervezéséhez
Témavezetők:
Dr. Gyurcsik Béla, Dr. Körtvélyesi Tamás
Alkalmazott kísérleti módszerek:
- Rekombináns fehérjék génjének előállítása és kifejezésük baktériumban
- Fehérjetisztítás (HPLC)
- Szerkezetvizsgálati módszerek:
CD-spektroszkópia, LD-spektroszkópia, tömegspektrometria
- Fehérje - fémion kölcsönhatás toábbi vizsgálata:
izotermális mikrokalorimetriás titrálások
- Fehérje - DNS kölcsönhatás további vizsgálata:
gél-elektroforézis, atomerő mikroszkópia
- Fehérjekristályosítás
Alkalmazott elméleti módszerek:
- Szemiempirikus kvantumkémiai számítások
- Molekuladinamikai szimulációk
- QM/MM hibrid módszerek
Publikációk
Czene A, Németh E, Zóka IG, Jakab-Simon NI, Körtvélyesi T, Nagata K, Christensen HE, Gyurcsik B.:
The role of the N-terminal loop in the function of the colicin E7 nuclease domain. J Biol Inorg
Chem. 2013,18(3):309-21.
Eszter Németh, Gabriella K. Schilli, Gábor Nagy, Cristoph Hasenhindl, Béla Gyurcsik, Chris
Oostenbrink: Design of a colicin E7 based chimeric zinc-finger nuclease, Journal of Computer-Aided
Molecular Design, DOI 10.1007/s10822-014-9765-8, IF: 3,172
Eszter Németh, Tamás Körtvélyesi, Peter W. Thulstrup, Hans E.M. Christensen, Milan Kožíšek, Kyosuke
Nagata, Anikó Czene, Béla Gyurcsik: Fine tuning of the catalytic activity of colicin E7 nuclease
domain by systematic N-terminal mutations, Protein Science, DOI: 10.1002/pro.2497, IF: 2,735
Eszter Németh, Tamás Körtvélyesi, Milan Kožíšek, Peter W. Thulstrup, Hans E.M. Christensen,
Masamitsu Asaka, Kyosuke Nagata, Béla Gyurcsik: Substrate binding activates the designed triple
mutant of the colicin E7 metallonuclease, Journal of Biological Inorganic Chemistry, benyújtva, IF:
3,353
Németh Eszter: Áramlásos lineáris dikroizmus spektroszkópia alkalmazása nukleázok
tanulmányozására. Magyar Kémikusok Lapja, 2014. február
Nemzetközi konferencia részvétel:
1. B. Gyurcsik, A. Czene, N.I. Simon, E. Németh, I.G. Zóka, G. Nagy, T. Körtvélyesi, H.E.M.
Christensen, K. Nagata: Study on the HNH motif as a possible component of a controlled zinc-finger
nuclease. International Conference on Gene Targeting, Vienna, Austria, 9-12th February (2011), - lecture
2. B. Gyurcsik, A. Czene, N.I. Simon, E. Németh, I.G. Zóka, G. Nagy, T. Körtvélyesi, H.E.M.
Christensen, K. Nagata: Study on the HNH motif as a possible component of a controlled zinc-finger
nuclease. New Trends in Coordination, Bioinorganic and Applied Inorganic Chemistry; XXIII.
International Conference on Coordination and Bioinorganic Chemistry, Smolenice, Slovak Republic, 5-
10th June (2011), - lecture
3. E. Németh, B. Gyurcsik, A. Czene, I.N. Simon, I.Gy. Zóka, T. Körtvélyesi, H.E.M. Christensen, K.
Nagata: Allosteric control in the nuclease domain of colicin E7. QBIC-3 3rd Quantum Bioinorganic
Chemistry Conference, Cesky Krumlov, Czech Republic, 25-28 June, (2011) - poster
4. B. Gyurcsik, A. Czene, N.I. Simon, E. Németh, I.G. Zóka, T. Körtvélyesi, H.E.M. Christensen, K.
Nagata: Study on the HNH motif as a possible component of a controlled zinc-finger nuclease. 4th
European Conference on Chemistry for Life Sciences (4ECCLS), Budapest, Hungary, August 31-
September 3 (2011) - lecture
5. B. Gyurcsik, A. Czene, I.N. Simon, E. Németh, I.Gy. Zóka, T. Körtvélyesi, H.E.M. Christensen, K.
Nagata: Allosteric control in the nuclease domain of colicin E7,
International Workshop on Metal Containing Drugs, Szeged, Hungary, 30-31 August (2011) - lecture
6. B. Gyurcsik, A. Czene, N.I. Simon, E. Németh, I.G. Zóka, T. Körtvélyesi, H.E.M. Christensen, K.
Nagata: Design of a novel artificial nuclease based on the HNH.
ISABC11 - 11th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry, Barcelona, Spain, 2-5
December (2011)-poster
7. A. Czene, E. Németh, I.G. Zóka, N.I. Simon, B. Gyurcsik, H.E.M. Christensen, K. Nagata: Mutant
Colicin E7 proteins reveal the conditions for allosteric control of the enzymatic action.
ISABC11 - 11th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry, Barcelona, Spain, 2-5
December (2011)-poster
8. B. Gyurcsik, A. Czene, E. Németh, I.G. Zóka, E. Endreffy, H.E.M. Christensen, K. Nagata: Targeting
the breakpoint in duchenne muscular dystrophy.
Nobel75, 75th Anniversary of Albert Szent-Györgyi’s Nobel Prize Award, Szeged, Hungary, 22-25 March
(2012)-lecture
9. B. Gyurcsik, A. Czene, E. Németh, I.G. Zóka, E. Endreffy, H.E.M. Christensen, K. Nagata: Targeting
the breakpoint in Duchenne Muscular Dystrophy
ISMEC 2012, International Symposia on Metal Complexes, Lisbon, Portugal, June 18th – 22nd, ISMEC
Acta, Vol. 2, p.111 (2012)-poster
10. B. Gyurcsik, A. Czene, E. Németh, I.G. Zóka, E. Endreffy, H.E.M. Christensen, K. Nagata: Targeting
the breakpoint in Duchenne Muscular Dystrophy by an artificial metallonuclease.
EUROBIC11, 11th European Biological Inorganic Chemistry Conference, Granada, Spain September
12-16 (2012) - poster
11. B. Gyurcsik, A. Czene, E. Németh, I.Gy. Zóka, E. Endreffy, H.E.M. Christensen, K. Nagata: Design
of a novel artificial metallonuclease for targeting the breakpoint in Duchenne Muscular Dystrophy.
The 3rd Leading Graduate Schools International Conference, Tsukuba, Japan, November 1-2 (2012) -
invited lecture
12. K. Borsos, E. Németh, B. Gyurcsik: The interaction between a truncated mutant of NColE7 nuclease
and its immunity protein.
13th Edition of Academic Days Timisoara - New trends and strategies in the chemistry of advanced
materials with relevance in biological systems, technique and environmental protection, Timisoara,
Romania, June 13-14 (2013) - poster
13. B. Gyurcsik, A. Czene, E. Németh, I.G. Zóka, E. Endreffy, H.E.M. Christensen, K. Nagata: The
nuclease domain of colicin E7 as a potential template for artificial nuclease design.
13th Edition of Academic Days Timisoara - New trends and strategies in the chemistry of advanced
materials with relevance in biological systems, technique and environmental protection, Timisoara,
Romania, June 13-14 (2013) - plenary lecture
14. E. Németh, B. Gyurcsik, T. Körtvélyesi, P. W. Thulstrup, H.E.M. Christensen: Computational design,
expression and spectroscopic study of a mutant NColE7 metallonuclease.
XII International Symposium on Inorganic Biochemistry, Collaboration and Beyond, Wrocław, Poland,
August 28 – September 1 (2013) - lecture
15. E. Németh, T. Körtvélyesi, P. W. Thulstrup, H.E.M. Christensen, B. Gyurcsik: Fine tuning of the
catalytic activity by the positively charged residues at the N-terminus of the ColE7 nuclease.
6th Central Europe Conference - Chemistry towards Biology, Trieste, Italy, September 10-13 (2013) -
lecture
16. B. Gyurcsik, E. Németh, P. W. Thulstrup, M. Kožíšek, H.E.M. Christensen, K. Nagata: Fine tuning
of the allosteric activation in the nuclease domain of colicin E7.
Global Science Week 2013 - 'Integration of Chemistry and Life Science', Tsukuba, Japan, October 2-4
(2013) – invited lecture
Hazai konferencia részvétel:
1. Roósz B., Németh E., Hoffmann A. E., Körtvélyesi T.: Kukurbit[7]uril "host-guest" komplexeinek
elméleti vizsgálata. KeMoMo-QSAR szimpózium, Szeged (2010) - poszter
2. Németh E., Keserű Gy. M.: A Caco-2 permeabilitás in silico predikciója. A Magyar Tudomány
Ünnepe, Szeged (2010) - előadás
3. Németh E., Keserű Gy. M.:A Caco-2 permeabilitás in silico predikciója, XXXIII. Kémiai Előadói
Napok, Szeged (2010) - előadás
4. Németh E., Zóka I.Gy., Czene A., Jakab-Simon I.N., Gyurcsik B., Körtvélyesi T., Nagata K.,
Christensen H.E.M.: A colicin E7 fehérje nukleáz doménjének vizsgálata.
MKE, 1. Nemzeti konferencia, Sopron 2011. május 22-25 - előadás
5. Németh E., Gyurcsik B., Körtvélyesi T: Allosztérikus kontroll a Colicin E7 fehérje nukleáz
doménjében.
XXXIV. Kémiai Előadói Napok, Szeged, 2011. November 2-4 - előadás
6. Zóka I. Gy., Gyurcsik B., Czene A., Németh E.: A colicin E7 nukleáz N-terminális végén rövidített
mutáns fehérjéinek vizsgálata.
XXXIV. Kémiai Előadói Napok, Szeged, 2011. November 2-4 - előadás
7. Gyurcsik B., Czene A., Németh E., Tóth E., Zóka I.Gy.: Aktiváló allosztérikus szabályozás
kialakításának lehetősége egy Colicin E7 alapú mesterséges metallonukleázban.
46. Komplexkémiai Kollokvium és az MTA Koordinációs Kémiai Munkabizottság ülése, 2012. május 21-
23, Mátrafüred - előadás
8. Németh E., Schilli G., Gyurcsik B., Körtvélyesi T.: Pontmutációk tanulmányozása a colicin E7 fehérje
nukleáz doménjében.
46. Komplexkémiai Kollokvium és az MTA Koordinációs Kémiai Munkabizottság ülése, 2012. május 21-
23, Mátrafüred - előadás
9. Németh E., Czene A., Borsos K., P.W. Thulstrup, Gyurcsik B.: A colicin E7 metallonukleáz
aktivitásának hangolása az N-terminális végen kialakított pontmutációk révén.
47. Komplexkémiai Kollokvium és az MTA Koordinációs Kémiai Munkabizottság ülése, 2013. május 29-
31, Mátraháza - előadás.
10. Németh E., Gyurcsik B., Körtvélyesi T: A colicin E7 metallonukleáz domén finomhangolása.
XXXVI. Kémiai Előadói Napok, 2013. október 28-30. Szeged - előadás
11. Schilli G., Németh E., Gyurcsik B.: Egy mutáns NColE7 metallonukleáz előállítása
XXXVI. Kémiai Előadói Napok, 2013. október 28-30. Szeged - előadás
12. Németh E., Czene A., Gyurcsik B.: Egy fehérjealapú mesterséges metallonukleáz szabályozásának
lehetősége.
MTA Koordinációs Kémiai és Peptidkémiai Munkabizottság közös ülése, 2013. október 28, Budapest -
előadás.