Frissítve: 2014.07.08. Kutatás PhD téma: A colicin E7 fehérje és mutánsainak vizsgálata valamint felhasználása egy mesterséges metallonukleáz tervezéséhez Témavezetők: Dr. Gyurcsik Béla, Dr. Körtvélyesi Tamás Alkalmazott kísérleti módszerek: - Rekombináns fehérjék génjének előállítása és kifejezésük baktériumban - Fehérjetisztítás (HPLC) - Szerkezetvizsgálati módszerek: CD-spektroszkópia, LD-spektroszkópia, tömegspektrometria - Fehérje - fémion kölcsönhatás toábbi vizsgálata: izotermális mikrokalorimetriás titrálások - Fehérje - DNS kölcsönhatás további vizsgálata: gél-elektroforézis, atomerő mikroszkópia - Fehérjekristályosítás Alkalmazott elméleti módszerek: - Szemiempirikus kvantumkémiai számítások - Molekuladinamikai szimulációk - QM/MM hibrid módszerek Publikációk Czene A, Németh E, Zóka IG, Jakab-Simon NI, Körtvélyesi T, Nagata K, Christensen HE, Gyurcsik B.: The role of the N-terminal loop in the function of the colicin E7 nuclease domain. J Biol Inorg Chem. 2013,18(3):309-21. Eszter Németh, Gabriella K. Schilli, Gábor Nagy, Cristoph Hasenhindl, Béla Gyurcsik, Chris Oostenbrink: Design of a colicin E7 based chimeric zinc-finger nuclease, Journal of Computer-Aided Molecular Design, DOI 10.1007/s10822-014-9765-8, IF: 3,172 Eszter Németh, Tamás Körtvélyesi, Peter W. Thulstrup, Hans E.M. Christensen, Milan Kožíšek, Kyosuke Nagata, Anikó Czene, Béla Gyurcsik: Fine tuning of the catalytic activity of colicin E7 nuclease domain by systematic N-terminal mutations, Protein Science, DOI: 10.1002/pro.2497, IF: 2,735 Eszter Németh, Tamás Körtvélyesi, Milan Kožíšek, Peter W. Thulstrup, Hans E.M. Christensen, Masamitsu Asaka, Kyosuke Nagata, Béla Gyurcsik: Substrate binding activates the designed triple mutant of the colicin E7 metallonuclease, Journal of Biological Inorganic Chemistry, benyújtva, IF: 3,353 Németh Eszter: Áramlásos lineáris dikroizmus spektroszkópia alkalmazása nukleázok tanulmányozására. Magyar Kémikusok Lapja, 2014. február Nemzetközi konferencia részvétel: 1. B. Gyurcsik, A. Czene, N.I. Simon, E. Németh, I.G. Zóka, G. Nagy, T. Körtvélyesi, H.E.M.  Christensen, K. Nagata: Study on the HNH motif as a possible component of a controlled zinc-finger  nuclease. International Conference on Gene Targeting, Vienna, Austria, 9-12th February (2011), - lecture   2. B. Gyurcsik, A. Czene, N.I. Simon, E. Németh, I.G. Zóka, G. Nagy, T. Körtvélyesi, H.E.M.  Christensen, K. Nagata: Study on the HNH motif as a possible component of a controlled zinc-finger  nuclease. New Trends in Coordination, Bioinorganic and Applied Inorganic Chemistry; XXIII.  International Conference on Coordination and Bioinorganic Chemistry, Smolenice, Slovak Republic, 5-  10th June (2011), - lecture  3. E. Németh, B. Gyurcsik, A. Czene, I.N. Simon, I.Gy. Zóka, T. Körtvélyesi, H.E.M. Christensen, K.  Nagata: Allosteric control in the nuclease domain of colicin E7. QBIC-3 3rd Quantum Bioinorganic  Chemistry Conference, Cesky Krumlov, Czech Republic, 25-28 June, (2011) - poster  4. B. Gyurcsik, A. Czene, N.I. Simon, E. Németh, I.G. Zóka, T. Körtvélyesi, H.E.M. Christensen, K.  Nagata: Study on the HNH motif as a possible component of a controlled zinc-finger nuclease. 4th  European Conference on Chemistry for Life Sciences (4ECCLS), Budapest, Hungary, August 31-  September 3 (2011) - lecture  5. B. Gyurcsik, A. Czene, I.N. Simon, E. Németh, I.Gy. Zóka, T. Körtvélyesi, H.E.M. Christensen, K.  Nagata: Allosteric control in the nuclease domain of colicin E7,   International Workshop on Metal Containing Drugs, Szeged, Hungary, 30-31 August (2011) - lecture  6. B. Gyurcsik, A. Czene, N.I. Simon, E. Németh, I.G. Zóka, T. Körtvélyesi, H.E.M. Christensen, K.  Nagata: Design of a novel artificial nuclease based on the HNH.  ISABC11 - 11th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry, Barcelona, Spain, 2-5  December (2011)-poster  7. A. Czene, E. Németh, I.G. Zóka, N.I. Simon, B. Gyurcsik, H.E.M. Christensen, K. Nagata: Mutant  Colicin E7 proteins reveal the conditions for allosteric control of the enzymatic action.   ISABC11 - 11th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry, Barcelona, Spain, 2-5  December (2011)-poster  8. B. Gyurcsik, A. Czene, E. Németh, I.G. Zóka, E. Endreffy, H.E.M. Christensen, K. Nagata: Targeting  the breakpoint in duchenne muscular dystrophy.   Nobel75, 75th Anniversary of Albert Szent-Györgyi’s Nobel Prize Award, Szeged, Hungary, 22-25 March  (2012)-lecture  9. B. Gyurcsik, A. Czene, E. Németh, I.G. Zóka, E. Endreffy, H.E.M. Christensen, K. Nagata: Targeting  the breakpoint in Duchenne Muscular Dystrophy  ISMEC 2012, International Symposia on Metal Complexes, Lisbon, Portugal, June 18th – 22nd, ISMEC  Acta, Vol. 2, p.111 (2012)-poster   10. B. Gyurcsik, A. Czene, E. Németh, I.G. Zóka, E. Endreffy, H.E.M. Christensen, K. Nagata: Targeting  the breakpoint in Duchenne Muscular Dystrophy by an artificial metallonuclease.  EUROBIC11, 11th European Biological Inorganic Chemistry Conference, Granada, Spain September  12-16 (2012) - poster 11. B. Gyurcsik, A. Czene, E. Németh, I.Gy. Zóka, E. Endreffy, H.E.M. Christensen, K. Nagata: Design  of a novel artificial metallonuclease for targeting the breakpoint in Duchenne Muscular Dystrophy.  The 3rd Leading Graduate Schools International Conference, Tsukuba, Japan, November 1-2 (2012) -  invited lecture  12. K. Borsos, E. Németh, B. Gyurcsik: The interaction between a truncated mutant of NColE7 nuclease  and its immunity protein.  13th Edition of Academic Days Timisoara - New trends and strategies in the chemistry of advanced  materials with relevance in biological systems, technique and environmental protection, Timisoara,  Romania, June 13-14 (2013) - poster  13. B. Gyurcsik, A. Czene, E. Németh, I.G. Zóka, E. Endreffy, H.E.M. Christensen, K. Nagata: The  nuclease domain of colicin E7 as a potential template for artificial nuclease design.   13th Edition of Academic Days Timisoara - New trends and strategies in the chemistry of advanced  materials with relevance in biological systems, technique and environmental protection, Timisoara,  Romania, June 13-14 (2013) - plenary lecture  14. E. Németh, B. Gyurcsik, T. Körtvélyesi, P. W. Thulstrup, H.E.M. Christensen: Computational design,  expression and spectroscopic study of a mutant NColE7 metallonuclease.  XII International Symposium on Inorganic Biochemistry, Collaboration and Beyond, Wrocław, Poland,  August 28 – September 1 (2013) - lecture  15. E. Németh, T. Körtvélyesi, P. W. Thulstrup, H.E.M. Christensen, B. Gyurcsik: Fine tuning of the  catalytic activity by the positively charged residues at the N-terminus of the ColE7 nuclease.  6th Central Europe Conference - Chemistry towards Biology, Trieste, Italy, September 10-13 (2013) -  lecture  16. B. Gyurcsik, E. Németh, P. W. Thulstrup, M. Kožíšek, H.E.M. Christensen, K. Nagata: Fine tuning  of the allosteric activation in the nuclease domain of colicin E7.  Global Science Week 2013 - 'Integration of Chemistry and Life Science', Tsukuba, Japan, October 2-4  (2013) – invited lecture  Hazai konferencia részvétel:  1. Roósz B., Németh E., Hoffmann A. E., Körtvélyesi T.: Kukurbit[7]uril "host-guest" komplexeinek   elméleti vizsgálata. KeMoMo-QSAR szimpózium, Szeged (2010) - poszter   2. Németh E., Keserű Gy. M.: A Caco-2 permeabilitás in silico predikciója.  A Magyar Tudomány  Ünnepe, Szeged (2010) - előadás   3. Németh E., Keserű Gy. M.:A Caco-2 permeabilitás in silico predikciója,  XXXIII. Kémiai Előadói  Napok, Szeged (2010) - előadás  4. Németh E., Zóka I.Gy., Czene A., Jakab-Simon I.N., Gyurcsik B., Körtvélyesi T., Nagata K.,  Christensen H.E.M.: A colicin E7 fehérje nukleáz doménjének vizsgálata.  MKE, 1. Nemzeti konferencia, Sopron 2011. május 22-25 - előadás  5. Németh E., Gyurcsik B., Körtvélyesi T: Allosztérikus kontroll a Colicin E7 fehérje nukleáz  doménjében.  XXXIV. Kémiai Előadói Napok, Szeged, 2011. November 2-4 - előadás  6. Zóka I. Gy., Gyurcsik B., Czene A., Németh E.: A colicin E7 nukleáz N-terminális végén rövidített  mutáns fehérjéinek vizsgálata.  XXXIV. Kémiai Előadói Napok, Szeged, 2011. November 2-4 - előadás  7. Gyurcsik B., Czene A., Németh E., Tóth E., Zóka I.Gy.: Aktiváló allosztérikus szabályozás  kialakításának lehetősége egy Colicin E7 alapú mesterséges metallonukleázban.  46. Komplexkémiai Kollokvium és az MTA Koordinációs Kémiai Munkabizottság ülése, 2012. május 21-  23, Mátrafüred - előadás  8. Németh E., Schilli G., Gyurcsik B., Körtvélyesi T.: Pontmutációk tanulmányozása a colicin E7 fehérje  nukleáz doménjében.  46. Komplexkémiai Kollokvium és az MTA Koordinációs Kémiai Munkabizottság ülése, 2012. május 21-  23, Mátrafüred - előadás  9. Németh E., Czene A., Borsos K., P.W. Thulstrup, Gyurcsik B.: A colicin E7 metallonukleáz  aktivitásának hangolása az N-terminális végen kialakított pontmutációk révén.   47. Komplexkémiai Kollokvium és az MTA Koordinációs Kémiai Munkabizottság ülése, 2013. május 29-  31, Mátraháza - előadás.  10. Németh E., Gyurcsik B., Körtvélyesi T: A colicin E7 metallonukleáz domén finomhangolása.  XXXVI. Kémiai Előadói Napok, 2013. október 28-30. Szeged - előadás  11. Schilli G., Németh E., Gyurcsik B.: Egy mutáns NColE7 metallonukleáz előállítása  XXXVI. Kémiai Előadói Napok, 2013. október 28-30. Szeged - előadás  12. Németh E., Czene A., Gyurcsik B.: Egy fehérjealapú mesterséges metallonukleáz szabályozásának  lehetősége.  MTA Koordinációs Kémiai és Peptidkémiai Munkabizottság közös ülése, 2013. október 28, Budapest -  előadás.